Suomen lähialueyhteistyö Itämeren alueella alkoi 1990-luvun alun poliittisessa murroksessa. Ympäristönsuojelusta tuli nopeasti yhteistyön keskeinen toiminta-alue. Suomi aloitti lähialueyhteistyön vuonna 1990 selvittämällä ympäristön tilan parantamisen kannalta kiireellisiä toimia edellyttävät kohteet Luoteis-Venäjällä ja Virossa. Yhteistyö alkoi myöhemmin myös Latvian ja Liettuan kanssa. Puolan nk. ekokonversioyhteistyö alkoi 1991. Lähialueyhteistyön tuloksena on kansainvälisellä rahoituksella edistetty kuormituksen vähentämiseen tähtääviä vesiensuojelu- ja muita ympäristöhankkeita Venäjällä, Virossa, Latviassa, Liettuassa ja Puolassa. Suomi on avustanut kuluneiden 15 vuoden aikana näiden maiden ympäristönsuojelun investointeja yhteensä 106,5 milj. eurolla ja antanut teknistä apua 44,1 milj. eurolla. Euroopan unionin laajennuttua Suomen välittömillä lähialueilla Itämerestä tuli lähes EU:n sisämeri. Samalla runsaan vuosikymmenen jatkunut tiivis kahdenvälinen hankeyhteistyö Baltian maiden ja Puolan kanssa päättyi, kun maat liittyivät unionin jäseniksi. Työ Itämeren hyväksi jatkuu vielä tästä eteenpäin: muun muassa lisääntyneet öljykuljetukset sekä haitallisten aineiden ja maatalouden päästöt Itämereen vaativat jatkossakin määrätietoisia toimenpiteitä ja kansainvälistä yhteistyötä. Lähialueyhteistyön rooli on muuttumassa tasavertaiseen kumppanuuteen perustuvaksi. Esimerkiksi Pohjoisen ulottuvuuden ympäristökumppanuusrahasto kokoaa useat eri rahoittajat yhteen rahoittamaan kunnallisia ympäristönsuojelua edistäviä investointeja Luoteis-Venäjällä. Suuren haasteen Suomelle asettaa kasvihuonekaasupäästöjen rajoittaminen ilmastosopimuksen Kioton pöytäkirjan edellyttämälle tasolle. Valtioneuvosto on tehnyt päätöksen, jonka mukaan Suomi hankkii nk. Kioton mekanismeilla 10 miljoonan hiilidioksiditonnin edestä päästövähennysyksiköitä vuosina 2008-2012. Suomi käynnisti vuonna 2006 Kioton mekanismien Finnder osto-ohjelman. Tärkeitä kohdemaita mekanismien toimeenpanossa ovat Venäjä ja muut siirtymätalousmaat.