Ympäristöministeriö asettaa Suomen ympäristökeskukselle tulostavoitteet, jotka täydentävät valtion talousarviossa asetettuja tavoitteita. Tulostavoitteista on sovittu ympäristöministeriön ja Suomen ympäristökeskuksen välisessä tulosneuvottelussa. Suomen ympäristökeskuksen kanssa on tehty erillinen tulossopimus ja palvelusopimus. Tulossopimus koskee vuotta 2006. Vuosille 2005-2007 tehty palvelusopimus on tarkistettu.