Oikeusministeriössä on päivitetty 30.3.2001 annetut ohjeet valtioneuvoston ja eduskunnan välisestä yhteistyöstä EU:ssa tehtäviä päätöksiä valmisteltaessa. Ohjeet on valmisteltu yhteistyössä valtioneuvostossa ja EU-ministerivaliokunta on hyväksynyt ne 18.1.2008.
Ohjeissa tuodaan esille asiaa koskevat Suomen perustuslain säännökset ja niitä koskeva eduskunnan valiokuntien tulkintakäytäntö, minkä lisäksi niihin sisältyy käytännön ohjeita.
Jaksoissa 1 ja 2 käsitellään eduskunnan ja valtioneuvoston yhteistoiminnan merkitystä ja menettelyjä sekä asiaa koskevaa sääntelyä. Erityisesti tuodaan esille menettelyn tarkoitus varmistaa eduskunnan mahdollisuus vaikuttaa EU:ssa tehtävien päätösten sisältöön, mikä edellyttää asian viemistä eduskunnan käsiteltäväksi mahdollisimman varhaisessa vaiheessa.
Jaksoissa 3 ja 4 käsitellään erikseen ns. U-asioita ja ns. E-asioita. U-asioiden osalta valtioneuvostolle on säädetty perustuslaissa velvollisuus saattaa asia eduskunnan käsiteltäväksi. U-asia tulee viedä viipymättä eduskunnan käsiteltäväksi, kun EU:ssa annettu ehdotus saadaan. Eduskunnalla on oikeus saada tietoja myös muista EU-asioista. Nämä ns. E-asiat viedään eduskuntaan joko eduskunnan pyynnöstä tai valtioneuvoston pitäessä eduskunnan informointia tarpeellisena. Ohjeissa on esimerkkiluettelo eduskunnan tietojensaantioikeuden piiriin kuuluvista E-asioista.
Jaksossa 5 käsitellään julkisuuskysymyksiä. Eduskunnan toiminta ja asiakirjat ovat pääsääntöisesti julkisia, mutta julkisuutta voidaan tietyissä tapauksissa rajoittaa. Eduskunnalle tietoja annettaessa tulee tarvittaessa esittää vaiteliaisuuspyyntö, joka perustellaan esittämällä vaiteliaisuutta edellyttävät syyt.
Eduskunnan suuri valiokunta on antanut 18.6.2008 ohjeita koskevan lausunnon.