Hallintoasioiden yleinen muutoksenhakujärjestelmä perustuu kaksiportaiselle yleisten hallintotuomioistuinten järjestelmälle. Ensi asteessa on kahdeksan alueellista hallinto-oikeutta, Ahvenanmaan hallintotuomioistuin ja ylimpänä asteena korkein hallinto-oikeus. Lisäksi joissakin asiaryhmissä on erityislaeissa säädetty oikaisuvaatimuksen tekeminen pakolliseksi esivaiheeksi ennen varsinaista muutoksenhakua tuomioistuimeen. Nykyinen alempiasteinen maaseutuelinkeinoasioiden muutoksenhakujärjestelmä poikkeaa näistä periaatteista. Kuntien maaseutuelinkeinoviranomaisten päätöksiin haetaan muutosta valittamalla TE-keskuksiin, jotka noudattavat näitä asioita käsitellessään hallintolainkäyttölakia. TE-keskusten samoin kuin kaikkien muidenkin viranomaisten maaseutuelinkeinoasioissa tekemistä päätöksistä haetaan muutosta maa- ja metsätalousministeriön hallinnonalalla toimivalta maaseutuelinkeinojen valituslautakunnalta. Ylimpänä muutoksenhakuasteena on korkein hallinto-oikeus.
Hallintoasioiden muutoksenhakujärjestelmässä vallitsevien kehittämistavoitteiden mukaisesti hallintolainkäyttö kuuluu oikeusministeriön hallinnonalalla toimiville hallintotuomioistuimille. Asiaryhmissä, joissa muutoksenhaku korkeimpaan hallinto-oikeuteen edellyttää valituslupaa, on järjestelmän yhtenäisyyden kannalta perusteltua, että valitusluvan myöntämisen perusteet ovat hallintolainkäyttölain yleissäännöksen mukaisia. Näiden linjausten mukaisesti työryhmä ehdottaa mietinnössään ensinnäkin, että kuntien maaseutuelinkeinoviranomaisten päätöksistä haetaan jatkossa muutosta valituksen sijasta oikaisuvaatimuksena työvoima- ja elinkeinokeskukseen. Toiseksi muutoksenhaku nykyisin maaseutuelinkeinojen valituslautakunnan toimivaltaan kuuluvissa asioissa siirretään alueellisiin hallinto-oikeuksiin. Kolmanneksi yhdenmukaistetaan valituslupaperusteet maaseutuelinkeinoasioissa kaikilta osin hallintolainkäyttölain mukaisiksi.
Koska maatilatalouden harjoittamiseen liittyvien tukiasioiden kohdalla on arvioitu tarvittavan erityistä perehtyneisyyttä maataloudellisiin kysymyksiin, näiden asioiden muutoksenhaku keskitetään yhteen hallinto-oikeuteen, joka on Hämeenlinnan hallinto-oikeus. Keskittäminen tukee myös oikeuskäytännön yhtenäisyyden säilyttämistä. Ahvenanmaan lääninhallituksen päätösten osalta valitukset ohjataan Ahvenanmaan hallintotuomioistuimeen. Porotalouden ja luontaiselinkeinojen tukien sekä kolttalain mukaisten tukien muutoksenhaku keskitetään Rovaniemen hallinto-oikeuteen. Sen sijaan maaseutuelinkeinoihin liittyvistä tukiasioista ohjelmakaudesta 2007 - 2013 alkaen maaseudun kehittämiseen myönnettävien tukien ja elinkeinokalatalouden tukien muutoksenhakutie hajautetaan kaikkiin alueellisiin hallinto-oikeuksiin. Samalla tavoin kaikkiin hallinto-oikeuksiin ohjautuu valitustie myös muissa maaseutuelinkeinojen valituslautakunnan toimivaltaan nykyisin kuuluvissa asioissa eli kalastusta, metsästystä, Metsähallituksen viranomaispäätöksiä, eläintauteja, kasvinterveyden valvontaa ja yhteisaluelain osakaskunnan sääntöjä koskevissa asioissa. Hallinto-oikeuksissa käsitellään jo nykyisin näitä hajautettavia asiaryhmiä vastaavia asioita.
Asiasiirron toteutuminen edellyttää, että maaseutuelinkeinojen valituslautakunnan nykyisiä kustannuksia vastaava määräraha siirretään maa- ja metsätalousministeriöstä oikeusministeriöön ja että sen lisäksi oikeusministeriön hallinnonalalle saadaan noin 370 000 euron lisämääräraha.
Ehdotetut muutokset tulevat voimaan aikaisintaan vuoden 2008 alusta. Uudistuksen voimaantulosta säädetään erillisellä voimaanpanolailla. Uudistus edellyttää 25 lain muuttamista.
Työryhmä on 13.4.2006 julkaissut välimietinnön (OM työryhmämietintö 2006:7).