Vesilain uudistamista valmistellut toimikunta (KM 2004:2) esitti vesilainsäädännön uudistamista kokonaisuudessaan. Ajanpuutteen vuoksi toimikunta ei ehtinyt käsitellä loppuun saakka kaikkia uudistamiseen liittyviä asioita. Toimikunnan mietinnön mukaan jatkovalmistelua edellyttäneitä asiakokonaisuuksia olivat valtioneuvoston poikkeuslupa-asiaan liittyvät menettelylliset kysymykset, luonnontilaisten purojen suojelu, aikaisemman lainsäädännön nojalla annettujen lupien tarkistaminen sekä kalatalousvelvoitteen ja kalatalousmaksun keskinäisen suhteen uudelleen arvioiminen. Vesilakityöryhmän on tullut valmistella näitä asiakokonaisuuksia koskevat säännökset, laatia luonnos vesiasetukseksi sekä uudistaa teknisesti vesilain korvaussäännöstöä. Työryhmän säädös- ja perusteluehdotukset on laadittu täydennyksinä ja muutoksina toimikunnan mietintöön sisältyvään luonnokseen hallituksen esitykseksi. Työryhmän mietintöön sisältyy luonnos vesiasetukseksi.

Työryhmä ehdottaa poikkeuslupamenettelystä säädettäväksi siten, että poikkeusasia käsiteltäisiin valtioneuvostossa ennen kuin lupa-asia olisi lopullisesti ratkaistu ympäristölupavirastossa. Luonnontilaisten purojen suojelua koskevaa sääntelyä työryhmä ehdottaa tarkistettavaksi siten, että purojen luonnontilaisuutta vaarantavien hankkeiden luvanvaraisuutta korostettaisiin nimenomaisella säännöksellä.

Työryhmä ehdottaa kalataloudellisia kompensaatiokeinoja koskevaa sääntelyä tarkistettavaksi siten, että kalatalousvelvoite ja -maksu olisivat keskenään samanarvoisessa asemassa. Voimassa olevien vesitalouslupien tarkistamista koskevaa sääntelyä ehdotetaan vesilakitoimikunnan ehdotukseen nähden osin laajennettavaksi. Työryhmän ehdotuksen mukaan vesitaloushankkeelle myönnetty lupa voitaisiin määrätä raukeamaan, jos hanke olisi menettänyt merkityksensä tai jos hankkeesta vastaavaa tahoa ei voitaisi enää osoittaa. Vesilakitoimikunnan ehdottamiin korvaussäännöksiin työryhmä ehdottaa tehtäväksi eräitä tarkistuksia.

Muun lainsäädännön osalta vesilainsäädännön uudistaminen edellyttää aineellisia muutoksia lähinnä ympäristönsuojelulakiin sekä maankäyttö- ja rakennuslakiin. Työryhmän ympäristönsuojelulakiin ehdottamat muutokset koskevat ennen kaikkea jäteveden johtamista, jonka osalta pyritään selkeyttämään vesilain ja ympäristönsuojelulain välistä suhdetta. Maankäyttö- ja rakennuslakiin ehdotettavien muutosten tarkoituksena on selkeyttää sen ja vesilain välistä suhdetta yhdyskuntateknisten laitteiden sijoittamisen osalta. Muun lainsäädännön osalta muutostarpeet rajoittuvat pääosin viittaussäännösten tarkistamiseen.