Merenhoidon tavoitteena on ehkäistä Suomen meriympäristön tilan huonontuminen ja saavuttaa hyvä tila vuoteen 2020 mennessä. Tavoitteet pohjautuvat EU:n meristrategiadirektiiviin. Raportissa arvioidaan Suomen lainsäädännön toimivuutta kolmelta kannalta: 1) merenhoidon tavoitteiden oikeudellinen painoarvo, 2) edellytykset poiketa tavoitteista ja 3) merenhoidon tavoitteiden suhde vesienhoidon tavoitteisiin.

Meristrategiadirektiivin mukaan jäsenvaltioiden on pyrittävä saavuttamaan merenhoidon tavoitteet ja ohjattava meren tilan kehitystä ympäristötavoitteiden avulla. Tavoitteiden tulee heijastua esimerkiksi lupamenettelyihin, ja niiden saavuttamatta jääminen on perusteltava poikkeuksilla. Suomessa merenhoitosuunnitelma tulee ottaa huomioon hankkeiden lupaharkinnassa, mutta merenhoidon tavoitteilla ei ole suoria oikeusvaikutuksia.

Toimintasuosituksina raportissa esitetään ensinnäkin, että merenhoidon tavoitteiden ja ympäristötavoitteiden oikeudellista painoarvoa lupamenettelyissä tulisi vahvistaa. Näin tulisi tehdä myös vesienhoidon tavoitteiden kohdalla, koska ne palvelevat merenhoidon tavoitteiden saavuttamista. Toiseksi lupaharkinnan sekä vesienhoidon ja merenhoidon tavoitteista poikkeamisen suhdetta on syytä selventää. Kolmanneksi merenhoidossa on tarpeen kiinnittää entistä tarkemmin huomiota poikkeusten käyttöön ja niiden yhteensovittamiseen vesienhoidon poikkeusten kanssa.